紧接上篇，一段时间后，阿雅和凯尔乘坐卡车终于来到了山头掩体处，这个时候，俩人刚下车突然遭到了大量的线粒体怪物的攻击，在这次战斗中，凯尔受伤，阿雅让凯尔赶紧回避藏起来。阿雅独自一个人对付这些怪物。打败线粒体怪物后，阿雅继续深入掩体探索，在一番详细的探索中，阿雅消灭了大量的线粒体怪物，获得了大量的经验。一番调查后，阿雅向上司汇报了自己目前的所有发现，挂断电话后，阿雅继续深入调查，在路过一个地方的时候，阿雅脑海中突然又闪现处那个和自己长得一模一样的孩子的影像，那个孩子仍然是继续逃跑，最后那个孩子来到了一个巨大的暂时休眠的怪物处。这个时候的阿雅是一脸懵逼【这都啥情况？！】。为了了解事情的真相，阿雅继续深入调查。
卡车
和阿雅类似的女孩
在探索的过程中，阿雅突然被困在一间房间内，此时的阿雅并没有慌张，阿雅很冷静的从垃圾管道轻松逃离。正当阿雅打算离开垃圾堆的时候，说时迟那时快，突然从垃圾堆里出现个巨大的怪物，阿雅无奈只能与这个怪物展开激战。一番苦战后阿雅终于击败了那个怪物。
怪物
怪物
打败怪物后，阿雅长舒了一口气，继续探索。很快阿雅就遇到了凯尔，阿雅便开始追问凯尔和他分别后是怎么逃生来到这里的。凯尔称他被一个长着人脸的马追逐，接着他就掉到了一个矿洞里，很幸运的是凯尔掉到了另一个人脸马的背上，然后凯尔就骑着那只人马跑，并给自己封了“人马骑手”的称号。听到这里的阿雅再也抑制不住内心的高兴，哈哈大笑起来。俩人互相调侃了一番。随后凯尔和阿雅一起行动，俩人合作了一段时间后，凯尔突然提出自己要去单独调查一些事情，并且给了阿雅一个东西。之后，阿雅和凯尔又分开行动，这个时候道格拉斯的爱犬突然出现，利用自己敏锐的嗅觉，给阿雅指引了前进的方向【真是条神犬啊！】。
阿雅和凯尔
阿雅和神犬
在狗狗的带领下，阿雅来到了一个被一群小怪物包围的昏迷的人的面前，阿雅发现这个人正是皮尔斯，于是迅速出手，轻松打败纠缠皮尔斯的小怪物，阿雅非常担心皮尔斯的状况，前来查看，这个时候皮尔斯突然苏醒【这个家伙在装死！鄙视】。皮尔斯称总部派他来帮忙，并且给阿雅带来一些装备就在外面的车子上，阿雅获得钥匙前往车子上查看。获得一些装备后，阿雅决定继续探索，一段时间后阿雅来到了一间培养室，在这里阿雅发现了阿雅13，阿雅14代号之类的东西，在旁边电脑上的一些查看阿雅明白了，他之前所遇到的怪物都是由自己的细胞进化而来的，这个组织秘密的获得了阿雅的细胞，并且进行了一系列的研究。正当阿雅思索的时候，突然电话响起，阿雅接听得知是皮尔斯，皮尔斯听闻阿雅知道了事情的真相，便开始安慰阿雅，并声称还有重要的东西要给阿雅看。
阿雅与皮尔斯
一段时间后，阿雅在控制室找到了皮尔斯，见到皮尔斯阿雅的气就不打一处来，阿雅称这里很是危险，为什么还要过来！在和皮尔斯的交谈中阿雅得知皮尔斯一直想要帮助自己，并且还得到了关于磁场防护罩以及地下研究设施的事情，皮尔斯一直想要调查处真正的幕后黑手是谁，便在控制室这边暂时收集资料。阿雅为了进一步弄清事情的真相继续出发了。与此同时幕后组织的高层经过一系列的情报后动用卫星炮瞄准研究设施。另一边阿雅继续探索，在探索的过程中阿雅遇到了一个戴面具的孩子正在操作一个怪物，阿雅无奈只能与那个怪物展开激战。一番战斗后，阿雅成功的击败了那个怪物，打败怪物后凯尔突然出现【打怪物的时候你去哪了？】，这个时候凯尔打算杀死那个女孩，阿雅及时阻拦，这令凯尔大惑不解【刚才那个小女孩控制怪物要伤害你，为何还要救她】。阿雅无视凯尔，把小女孩的头盔摘了下来，发现了这个小女孩就是自己大脑中闪现的那个小女孩，小女孩见到是阿雅便抱着阿雅痛哭了起来。正在凯尔，阿雅和EVE【小女孩名字】谈话中，突然一个黑影扔了个毒气弹，凯尔迅速的推开阿雅，并让阿雅和EVE先行撤退。凯尔独自一个人带着面具对付前来的改造兵。
怪物
凯尔
阿雅与凯尔
生化兵
阿雅和EVE离开后，二人来到了一个地方，这个时候EVE突然跑开【不知道是不是感应到危险还是什么】。阿雅无奈只能继续寻扎EVE，这个时候阿雅突然发现EVE被神秘9号抓住，这个时候神秘9号称正是因为阿雅解除了磁场保护装置【只能阿雅和EVE进入，其他人进入就会燃烧】才让他顺利的抓到了EVE。神秘9号开始与总部联系，要求总部赶紧派飞机前来接应他，他已经成功抓获EVE。这个时候，阿雅想要救出EVE，然而神秘9号以EVE的生命来要挟阿雅。阿雅只能眼睁睁的看着神秘9号得意洋洋的带着EVE离去。阿雅得知是自己造成的EVE被抓，失落了很长时间，一段时间后，阿雅重新振作起来，决定去救出EVE。
对阵中
在阿雅前去探寻的过程中，遇到了大量的改造兵！在万分危急的时刻，突然改造兵纷纷倒地。阿雅来到了外面，发现军队已近来到此地，阿雅询问了指挥官凯尔的消息得知凯尔并没有出来。为了救出EVE以及凯尔，阿雅再一次进入实验基地搜寻，一番搜寻后，阿雅发现凯尔和神秘9号正在用头盔给EVE强行灌输什么。发现后的阿雅，踹开门直接追问神秘9号，这个时候神秘9号称【他所做的一切都是为了人类的进化，说了一堆研究新人类什么什么的】。神秘9号指了指凯尔，这个时候凯尔走过来向阿雅说明了情况【凯尔是一家神秘组织的人，这个组织正在研究线粒体，目的是为了人们更好的生活，他们研究了绿色方舟等等 只不过现在不完善，出现了一系列的问题】。阿雅对凯尔很是失望，大声的训斥凯尔【为什么要骗她，为什么要这么做】。这个时候神秘9号发话让凯尔开枪打死阿雅，这个时候凯尔还真开枪了【真无语】。倒地后的阿雅继续劝说凯尔，一番苦苦劝说，凯尔回头是岸。回头是岸的凯尔把枪对准了神秘9号，将神秘9号打伤，成功将EVE救出。这个时候受伤的神秘9号说【凯尔你这个叛徒，你肯定受到组织的处分】。凯尔打算继续开枪，正在这个时候神秘9号被一个怪物给吃了。
神秘9号
受伤的阿雅
受伤的神秘9号
正在被怪物吃掉
与此同时，神秘9号的总部组织决定用卫星炮攻击研究设施，不一会卫星炮攻击了。EVE不小心掉下去了，这个时候阿雅决定继续去救EVE，这个时候突然一个大怪物出现，阿雅无奈只能与那个大怪物展开激战，经过一番战斗后，阿雅成功暂时击败了那个大怪物，不一会阿雅发现了EVE所在地，便决定前去救援EVE，这个时候那个怪物的触手将EVE拉下去融合，再次变成一个新的怪物，阿雅再次与之开战，经过一番苦战，阿雅成功击败这个怪物，但是怪物在临死前打算与阿雅同归于尽，便将阿雅死死抱住飞上天，随后发生爆炸。
怪物
阿雅
怪物
阿雅在昏迷中模模糊糊的看到了凯尔的影像，随后阿雅被送往医院，经过一番抢救，阿雅成功生还。道格拉斯在那次卫星袭击中受了很严重的伤，在医院救助后也很快的好转起来。并继续在其他地方开了一家汽车站。组织方面为了封锁所有的消息，他们对外声称是恐怖分子发生暴乱，不得已动用卫星炮攻击那个掩体，随后关押了SMIT组织的负责人和大量的涉嫌人员，并让皮尔斯担任负责人。EVE在皮尔斯的帮助下顺利的成为阿雅的妹妹，并且成功的在一所学校上学，受到了同学们的很大的欢迎。凯尔在那一次时间之后，再也没有了踪迹，阿雅到处搜查也么没有凯尔的任何消息。
EVE
阿雅和妹妹
某天皮尔斯给阿雅几天假期，让阿雅和她的妹妹去博物馆玩几天，晚上阿雅和妹妹说了这件事情，妹妹EVE高兴的怎么也睡不着。第二天阿雅和妹妹来到博物馆，俩人开开心心的参观博物馆，这个时候，突然走进来一个人。
神秘的黑影
阿雅
阿雅看到那个神秘的黑影开心的笑了起来，那个黑影正是阿雅一直苦苦寻找的凯尔。至此寄生前夜2的剧情全部结束，由于没能玩到中文版，大部分都是猜测的意思，剧情各方面的细节可能有错误。感觉这一作品还是挺不错的，也希望有大神能够汉化一下吧。我是没能找到汉化版的。。